As Escolas e Facultades encargan a docencia das súas materias aos diferentes Departamentos da Universidade, nos que se agrupa o profesorado.

Os departamentos que teñen docencia asignada na ESEI son:

- Departamento de Dereito Privado

- Departamento de Estatística e Investigación Operativa

- Departamento de Informática

- Departamento de Enxeñería de Sistemas e Automática

- Departamento de Matemáticas

- Departamento de Organización de Empresas e Marketing

- Departamento de Tecnoloxía Electrónica