La ESEI tiene un equipo directivo que la gestiona, formado por un director o directora, varios subdirectores/as y un secretario/a, con diferentes responsabilidades asignadas.

El principal órgano de gobierno de la ESEI es la Junta de Centro, en la que está representado el profesorado (60%), alumnado (30%) y personal de administración (10%). Además existen varias comisiones delegadas de la Junta de Escuela:

- Comisión Permanente

- Comisión de Calidad

- Comisión de Adaptaciones y Reconocimiento de Créditos

- Comisión de Evaluación por Compensación

- Comisión Académica del Máster MEI